A kémia újabb eredményei 77.

Tartalom

Előszó 11
Bevezetés 15
1. A peptidkonformáció fogalma és leírása 23
2. Polipeptidek cirkuláris dikroizmus spektroszkópiai vizsgálata 38
2.1. A peptid kromofor kiralitása 41
2.2. Térszerkezeti hatások: a másodlagos szerkezeti típusok (konformációk) CD-spektruma 43
2.2.1. Az alfa-hélix 43
2.2.2. A béta-redőzött réteg (béta-konformáció) 45
2.2.3. A béta-turn szerkezetek (béta-kanyarok) 48
2.2.4. A poli(prolin)-II hélixek 53
2.2.5. Az aperiodikus (rendezetlen) konformáció 54
2.3. Az aromás és diszulfid kromoforok optikai aktivitása 55
2.4. A másodlagos szerkezet meghatározása a CD-spektrum alapján 56
3. Polipeptidek térszerkezetének vizsgálata Fourier-transzformációs infravörös spektroszkópia segítségével 63
3.1. Az FT-IR módszer főbb alkalmazási területei 67
3.1.1. Membránfehérjék 67
3.1.2. Fehérjék és peptidek kölcsönhatása micellákkal 69
3.1.3. Fehérjék és peptidek oldatban kialakult konformációjának vizsgálata 71
3.1.4. A béta-turn szerkezetek FT-IR-spektroszkópiai azonosítása 75
3.2. A vibrációs cirkuláris dikroizmus (VCD) spektroszkópia 81
4. Peptidek konformációanalízise NMR-spektroszkópia segítségével 83
4.1. Konformációanalízis nukleáris Overhauser effektus (NOE) módszerek segítségével 91
4.1.1. Peptidek jellegzetes 1H-1H távolságai 91
4.1.2. Peptidek kvantitatív konformációanalízise NOE módszerek segítségével 94
4.1.3. Kis peptidekben megfigyelt konformációspecifikus 1H-1H távolságok 101
4.1.3.1. Gerinckonformáció meghatározása szekvenciális (rövid távú) NOE-k alapján 101
4.1.3.2. Gerinckonformáció meghatározása nemszekvenciális NOE-k alapján 107
4.1.3.2/A. Béta-Kanyarok 110
4.1.3.2/B. Alfa-Hélix, a Béta-redőzött réteg és nyújtott szerkezet 116
4.2. Peptidkonformáció meghatározása csatolási állandókból 119
4.3. Peptidkonformáció az amidprotonok kémiai eltolódásának tükrében 120
5. Peptidek konformációanalízise a röntgenkrisztallográfia tükrében 122
5.1. Peptidek szilárd fázisú szerkezete 125
5.2. Peptidkonformációk a fehérjékről készült röntgenkrisztallográfia tükrében 134
5.3. Fehérjék térszerkezete a peptidkonformációk alapján 136
6. Elméleti módszerek 143
6.1. Szélsőérték-keresési eljárások 144
6.1.1. A többdimenziós konformációanalízis 150
6.1.2. Szélsőérték-meghatározó algoritmusok 158
6.2. Energiafüggvények 160
6.3. Di- és tripeptidek konformációanalízise 165
6.3.1. Peptidkonformációk molekuláris mechanika, valamint félempirikus módszerek alapján 167
6.3.2. Peptidtérszerkezetek ab initio számítása 173
6.4. Hosszabb peptidláncok konformációs lehetőségei 188
7. Peptidek térszerkezet-vizsgálata spektroszkópiai és számítástechnikai módszerek együttes alkalmazásával 193
Irodalom 198

Témakörök